Краевая клиническая детская больница введена в строй в 1984 году и рассчитана на 450 коек.

В настоящее время здесь ведется работа по многим направлениям и практически по всем специальностям в 12 специализированных отделениях и 30 вспомогательных лечебно-диагностических отделениях и кабинетах. С 1987 года и по настоящее время краевую детскую больницу возглавляет заслуженный врач России, кавалер ордена Дружбы народов, специалист высшей категории по организации здравоохранения - Иван Федотович Зайцев.

Под его руководством работает коллектив, в котором 800 человек, 147 из них врачи, в числе которых 2 доктора медицинских наук, 19 кандидатов медицинских наук, 41 врач имеет высшую категорию, 42 - первую.

В 2003 году сдана в эксплуатацию консультативно-диагностическая поликлиника на 300 посещений в смену, где ведут прием по 20 различным специальностям. На базе больницы располагается 6 краевых детских специализированных центров. Так, в реанимационно-консультативном центре проводится мониторинг детей в основном первого года жизни. В центре имеется реанимобиль, позволяющий вывозить из районов края около 130 детей в возрасте до года, большую часть которых составляют новорожденные.

В центре детской гематологии и онкологии ведется прием пациентов детским онкологом.

Гастроэнтерологический центр занимается патологией желудочно-кишечного тракта.

Реабилитационный центр в своей работе использует все традиционные и нетрадиционные методы лечения (мануальная терапия, гирудотерапия, иглорефлексотерапия и т.д.).

Важным достижением в работе астма-центра явилось то, что в итоге квалифицированной работы врачей этого центра практически около 90% больных астмой переведены на амбулаторное лечение.

Межрегиональная медико-генетическая консультация принимает пациентов не только из Алтайского края, но и из Республики Алтай, Кемеровской области и работает по национальной программе пяти наследственных заболеваний, также занимается проблемой гемофилии. С приобретением новой аппаратуры появилась возможность проводить ДНК диагностику хронических лимфолейкозов.

Кроме этого бригады медиков выезжают в районы для оказания  практической и организационно-методической помощи, так как не в каждом районе края имеются такие специалисты, как детский невропатолог, травматолог, ортопед, хирург. Алтайская краевая клиническая   детская больница неоднократно принимала участие в ежегодной специализированной выставке «Человек - Экология - Здоровье».

В 2006 году больница отмечена дипломами 2-й и 3-й степени за оригинальную методику лечения келоидных контрактур у детей и за разработку нового метода лечения рубцовых стенозов пищевода, а в 2007 году была удостоена диплома 3-ей степени за разработку и внедрение новой методики лечения врожденной косолапости у детей,
В больнице трудятся врачи - доктора и кандидаты медицинских наук - Ю.В. Тен, А.А.Осипов, М.В. Мешков, З.Ф. Акинина и др. специалисты которые многих своих пациентов не только вылечили, но и спасли им жизнь.